计算科学 - 选择正确的 Ewald 和参数 - 吾爱随笔录

计算科学分子动力学

2021-12-20 04:58:15

我目前正在使用使用Ewald summation method描述长程库仑相互作用的系统。

我正在使用 DL_POLY 经典。使用的 Ewald 求和方法在用户手册的第 46-48 页中进行了描述，不幸的是，由于我的排名较低，我无法链接。

我正在处理两篇使用相同计算方法的论文。同样，我无法链接任何内容，但您可以在arxiv中找到论文。名字是

B. Guillot，N. Sator；硅酸盐熔体中的二氧化碳：分子动力学模拟研究

B. Guillot，N. Sator；天然硅酸盐熔体的计算机模拟研究。第一部分：低压特性

这些论文描述的参数如下：

长程库仑相互作用由具有常数的 Ewald 和（其中是每个离子上的电荷分布的宽度，是模拟框的大小）和截止距离个向量的倒数空间中的总和被评估为。 $\alpha L= 5-7$ $\alpha$ $L$ $(r_{cut})$ $k$ $|k|L/2\pi<6-7$

DL_POLY 需要 4 个 ewald-summation 值，和，其中（根据用户手册）是收敛参数，是 x,y 或 z 方向上的最大 k 向量索引。 $\alpha~,k_{x},k_{y}$ $k_{z}$ $\alpha$ $k_{x,y,z}$

所以现在我需要找出正确的收敛参数和的值。我可以直接从论文中提供的数据中获取这些值吗？如果可以，如何获取？ $k_{x,y,z}$

3个回答

我对 Ewald 的经验有限，但我发现这篇论文在使用它时很有帮助。我不知道它是否包含您问题的答案，但它可能包含有用的参考资料。

我发现了问题。原来它不在 Ewald 求和参数中。我试图弄清楚的论文使用了“平衡”这个词，所以我（错误地）假设作者在 DL_POLY中使用了“平衡 n ”-命令。在这种特殊情况下，使用 equilibration 命令似乎会扰乱模拟并导致其形成不可能的结构。

感谢您的支持！

我对 DL_POLY 4（代码的贡献者）有更多的经验，它是 DL_POLY 经典的继承者，但是您可以通过使用第 3.2.5.1 节“Ewald sum”中概述的过程来获得 Ewald 参数的“合理”值和 SPME”在手册的第 89 页，它建议包括一个

ewald 精度 1d-6

控制文件中的指令。

还可以考虑使用 SPME 方法进行 Ewald 模拟，而不是您似乎正在做的经典公式。对于大型系统，这应该快得多。它在手册的第 48-50 页上进行了描述，使用它只需更换

埃瓦尔德

无论您在 CONTROL 文件中使用它

spme

如果您走这条路，您可能需要考虑使用优化的 FFT，例如 FFTW，因为 DL_POLY 经典提供的 FFT 不是那么快。

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