协方差矩阵依赖于这样的想法，即在两个向量的情况下，观测值是成对的——向量中的每个观测值$x$以某种逻辑方式对应于向量中的观察$y$反之亦然。如果没有元素配对，则无法构造协方差矩阵。

如果有一对元素，并且向量的长度不同，那么您就会丢失数据。为简单起见，我假设较长向量中没有数据丢失（即，较短向量中的观察结果与较长向量中没有相应的观察结果。）如果较短向量中数据的存在与否与如果您有全长向量，则会观察到的值（在两个向量中），那么您可以根据您看到的数据形成协方差估计。否则，您会遇到数据丢失问题，我将向您推荐该链接以获取更多信息。