我正在寻找一款用于执行具有以下规格的分子动力学模拟的软件：
- 要求：发表良好（因为有论文在一个或多个相当受人尊敬的期刊上引用它）
- required：在运行方式中包含一定程度的不确定性（例如，每次从相同的初始状态运行可能会导致系统的最终状态略有不同）
- required：应该能够从分布（特别是 Maxwell-Boltzmann 分布）生成初始状态
- required：在任何特定试运行结束时，应该可以获得我定义的区域中的局部温度，或者系统中所有粒子的位置和速度
- 可选：理想情况下，我们会将气体粒子模拟为具有弹性碰撞的硬球
- optional : 如果它是用类似于 Java 或 Python 的东西编写的，那将是一个额外的好处，因为我对这些语言非常熟悉
- 注意：对于我的模拟而言，两个或三个维度都可以
我已经知道一些确定性 MD 软件（例如 LAMMPS、NAMb、VMD 等），但据我所知，这些软件都没有包含我想要解决的第二点，我不愿意做任何因为我想开始运行模拟，所以对别人的代码进行了认真的修改。
谢谢你的时间。