最有效的方法是直接使用 CHOLMOD 的 C API 并直接调用它，而不将矩阵保存到磁盘，请参阅我对这个问题的回答以获取示例（另请参阅 CHOLMOD 文档）。CHOLMOD 使用标准 CRS（压缩行存储）表示。它在很多地方都有解释，例如参见这个 wikipedia entry。

显然，也可以按照您的建议，使用 Matrix Market 格式将矩阵写入磁盘并通过生成随附的示例程序来调用 CHOLMOD，但这会效率较低，并且需要与直接调用 CHOLMOD 一样多的编程工作. 如果您不是使用 C/C++ 或具有 CHOLMOD 绑定的语言进行编程，您可能需要这样做。对您来说最简单的解决方案是使用坐标格式。如果性能是一个问题，您可以使用 CRS 格式（更多的编程工作）。两者都在这里解释。

我确实希望A你组装的是一个稀疏矩阵。否则，使用稀疏的 Cholesky 分解是没有意义的。那么，如果你在组装过程中没有这样做，你应该尽快把它变成稀疏矩阵格式。

然后 - 不知道你在什么环境中，所以我只能猜测 - 将矩阵直接传递给cholmod它将为你转换它（至少在 python 界面中）而不进行保存/加载会更有效使用matrix market format.