计算科学 - 用python计算分子中原子的化合价 - 吾爱随笔录

indigo 模块的文档可以在这里找到

http://ggasoftware.com/opensource/indigo/api#inputoutput

因此，例如，如果我有一些 SMILES 字符串的分子对象，例如"[C](=[O])"，我希望计算每个原子的化合价，例如这里所需的输出将是[atom=C, unbound_electrons=2],[atom=O, valency=0]

如果我考虑原子"[C]" 谁能解释为什么这个代码打印[atom=C, unbound_electrons=0]不[atom=C, unbound_electrons=4]

from indigo import *
indigo = Indigo()

mol=indigo.loadMolecule("[C]")

print(mol.grossFormula(),"\n")

for atom in mol.iterateAtoms():
        print([atom.symbol(),atom.radicalElectrons()])

如果我可以生成与结合使用的原子上的键类型列表，我可以计算出来atom.atomicNumber()。例如，如果我可以说[C]有一个双键，我可以取它的原子序数 - 2（第二个壳） - 2（双键）

这对于可视化我正在谈论的内容可能很有用

from indigo_renderer import *
renderer = IndigoRenderer(indigo)
renderer.renderToFile(mol,"mol.png")