我刚刚开始使用 dl_poly classic 进行分子动力学模拟。它会生成一个 HISTORY 文件，该文件记录应用边界条件后的轨迹。现在，在这里我不明白，我应该如何使用折叠轨迹计算扩散率。其次，在 dl_poly 中有一种方法可以展开轨迹，可能是使用他们可能已经编写的一些计数器（即在不更改源代码的情况下进行操作）。

但是，根据此处基于问题的答案之一，我编写了一个代码来展开折叠轨迹（我试图通过我自己编写的用于模拟氩液而不是 dl_poly 的程序来验证这一点） -

open(unit=11,file='test.out',status='unknown')

  rx(:,1) = x(:,1)
  do j=2,tsteps
  do i=1,nm

    tmp1 = x(i,j-1) - x(i,j) + boxl/2.d0
    tmp1 = tmp1 - boxL*floor(tmp1/boxL)
    tmp2 = boxL/2.d0 - tmp1
    rx(i,j) = rx(i,j-1) + tmp2
    write(11,*) i,j,x(i,j),ox(i,j),rx(i,j),ox(i,j)-rx(i,j)
  end do
  end do

在上面的程序中，x(i,j)是折叠坐标，ox(i,j)是已经存在的展开坐标（这是我编写的模拟程序的输出），rx(i,j)是我从 展开的坐标x(i,j)，i对应于$i^{th}$粒子并且j对应于$j^{th}$时间步长。

我在使用上述程序时面临的问题是，在某些情况下，我得到的实际展开坐标与实际展开坐标（即 和 之间+boxl）存在 差异-boxlox(i,j)rx(i,j)

这是我用来写下这个逻辑的答案，但我也可能写错了。