我想构建一个新的台式电脑，用于主要使用 GROMACS 和 Amber 力场的相对简单的蛋白质/碳水化合物系统的 MD 模拟。目前不打算进行从头算或 QM-MM 模拟。例如，在小碳水化合物（<100 个原子）存在的情况下，我一直在研究一种大约 1500 个原子的蛋白质。仅就蛋白质而言，我的家用 PC（i5-4570 CPU 3.20GHz，非 GPU 加速）大约每天 5 ns，所以我想要比这快得多的东西。
我应该选择哪种硬件？考虑到当前可用的技术，您能否建议低（800 美元）到高（2000 美元）价格的配置以及良好的功率？我不确定我是否需要 GPU 加速的机器，所以我愿意接受不同的配置。
最近发表的一篇论文解决了运行 GROMACS 的最佳硬件组合的问题：
Kutzner, C.、Páll, S.、Fechner, M.、Esztermann, A.、de Groot, BL 和 Grubmüller, H. (2015)。物超所值：用于 GROMACS 生物分子模拟的 GPU 节点。计算化学杂志，（Spp 1648）。doi:10.1002/jcc.24030
我没有使用 GROMACS 甚至 MD 模拟的经验，所以对我的分析持保留态度，但 GROMACS 提供了似乎很好的分析它们在不同硬件配置上的性能。
当然，每天的模拟时间在很大程度上取决于您的分子系统，但使用 GTX Titan（高端或高于您的价格范围）在高端 CPU 和 GTX680（I会认为这是一张消费卡，你可以在 newegg 上花几百美元买到 GTX 700 系列）。
根据您的确切预算，只要您研究购买哪种 GPU/CPU 组合，您应该能够将计算速度加快 x3-x5 倍，而不会遇到太多麻烦。只看他们的信息，我强烈建议走 GPU 加速路线。