当我们在（比如说）NVE 系综（微规范）中使用分子动力学模拟一个大分子系统时，我们应用了一些周期性边界条件（PBC）来避免表面效应。这对像对分布函数这样的量有什么影响，因为碰巧分子的一部分靠近盒子的一个边缘，而另一个分子在盒子的不同边缘。这对 PDF、MSD 和其他此类热力学量有什么影响？

PS：我目前正在使用立方体模拟 SPC/E 水分子，在某些帧中我发现水分子被分开，但由 PBC 连接。