我需要从我的分子数据中生成一个输出文件，该文件可以加载到 VMD 中以可视化键连接。我不确定最好的选择是什么。我知道 PDB 格式有一个带有 CONECT 字段的 HETATOM 记录，但我相信这应该只用于不寻常的连接或非常小的分子。此外，此字段限制为 5 位，并且我的某些系统具有 > 100 万个原子。
另一种选择是编写两个文件，一个带有坐标信息的 PDB 文件和一个带有连接性的 PSF 文件。但是后来我不得不到处拖着两个文件，这似乎没有必要。
我缺少更好的格式吗？
键连接的最佳文件格式？
计算科学
可视化
2021-12-07 06:49:09
1个回答
正如您所说，您不能在 PDB 文件中使用 CONECT 记录，因为它限制为 99,999 个原子（相反，我认为第一个数字以 36 为基数处理，因此 360,000 个原子）。
VMD 支持其他文件格式，并有一个插件系统供您定义自己的格式。在那里列出的文件中，您最好的选择可能是 Tripos mol2 文件。
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