检验随机效应 glmmADMB 模型的显着性

机器算法验证 推理 随机效应模型 咕噜咕噜
2022-03-27 22:10:51

下面是新对象测试分数模型的输出,该模型与 中的nbinom1(准泊松)选项相匹配glmmADMB我使用这个包/方法是因为:

  1. 泊松均值小于 5,因此根据 Bolker 等人的说法。2009 我不应该使用glmmPQL
  2. 使用 .运行的泊松模型存在过度分散glmerNB1 型号glmmADMB是我尝试过的所有型号中最好的。

有以下3个固定因素,还有一个Sex-Age交互项,个体( ID)是随机因素。

Call:
glmmadmb(formula = Score ~ Sex * Age + Object + (1 | ID), data = PGS, 
    family = "nbinom1")

AIC: 394.5

Coefficients:
              Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept)      0.480      0.195    2.47   0.0137
SexM             0.797      0.262    3.05   0.0023
AgeS             1.224      0.254    4.82  1.4e-06
ObjectPLA       -0.434      0.194   -2.24   0.0248
ObjectSCO       -0.822      0.203   -4.05  5.1e-05 
SexM:AgeS       -0.825      0.353   -2.33   0.0196 

Number of observations: total=105, ID=40 

Random effect variance(s):
Group=ID<br/>
            Variance StdDev<br/>
(Intercept)  0.03738 0.1933

Negative binomial dispersion parameter: 1.5958 (std. err.: 0.34873)

Log-likelihood: -189.228

问题:如何检验随机效应是否显着?我在网上环顾四周,那里有多个随机效应似乎很简单,但我知道根据http://glmm.wikidot.com/faq上的信息,如果没有我的单一随机效应,我无法将其GLMM与 a进行比较GLM

varprof在礁鱼示例中尝试了 Ben Bolker 的功能:

varprof(PGS.nbinom1)
Error in varprof(PGS.nbinom1) : <br/>
  trying to get slot "deviance" from an object (class "glmmadmb") that is not an S4 object

以及他的simulate.glm(PGS.nbinom1)

simulate.glm(PGS.nbinom1)
Error in simulate.glm(M1) : family nbinom not implemented

还有 Jeff Evans 的方式,发布在archiveorange.com上,我使用无信息的虚拟变量(每行中都有“虚拟”一词的列)运行模型,并将其与我的模型与 ANOVA 进行比较,但也得到了警告在这里留言:

anova(M1,M2)
Analysis of Deviance Table

Model 1: Score ~ Sex * Age + Object<br/>
Model 2: Score ~ Sex * Age + Object<br/>
  NoPar  LogLik Df Deviance Pr(>Chi)<br/>
1     8 -189.23 <br/>                    
2     8 -189.32  0    -0.19        1<br/>

Warning message:
In anova.glmmadmb(M1, M2) :<br/>
  something's wrong: models should be nested, increasing complexity should imply increasing log-likelihood

我还能尝试什么?任何帮助将非常感激!

1个回答

因为glmmADMB(不像lme4)可以在同一框架中处理没有任何随机效应的模型,从而获得相称的对数似然,您应该能够这样做:

g1 <- glmmadmb(formula = Score ~ Sex * Age + Object + (1 | ID), 
  data = PGS, family = "nbinom1")
g2 <- glmmadmb(formula = Score ~ Sex * Age + Object, 
  data = PGS, family = "nbinom1")
anova(g1,g2)

(您没有给出可重现的示例,所以我没有对此进行测试。)但是,即使这可行,明智的做法是查看“如何测试随机效应是否显着?”下的注意事项GLMM FAQ(即统计/推理问题而不是计算问题)。