下面是新对象测试分数模型的输出,该模型与 中的nbinom1(准泊松)选项相匹配glmmADMB。我使用这个包/方法是因为:
- 泊松均值小于 5,因此根据 Bolker 等人的说法。2009 我不应该使用
glmmPQL - 使用 .运行的泊松模型存在过度分散
glmer。NB1 型号glmmADMB是我尝试过的所有型号中最好的。
有以下3个固定因素,还有一个Sex-Age交互项,个体( ID)是随机因素。
Call:
glmmadmb(formula = Score ~ Sex * Age + Object + (1 | ID), data = PGS,
family = "nbinom1")
AIC: 394.5
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 0.480 0.195 2.47 0.0137
SexM 0.797 0.262 3.05 0.0023
AgeS 1.224 0.254 4.82 1.4e-06
ObjectPLA -0.434 0.194 -2.24 0.0248
ObjectSCO -0.822 0.203 -4.05 5.1e-05
SexM:AgeS -0.825 0.353 -2.33 0.0196
Number of observations: total=105, ID=40
Random effect variance(s):
Group=ID<br/>
Variance StdDev<br/>
(Intercept) 0.03738 0.1933
Negative binomial dispersion parameter: 1.5958 (std. err.: 0.34873)
Log-likelihood: -189.228
问题:如何检验随机效应是否显着?我在网上环顾四周,那里有多个随机效应似乎很简单,但我知道根据http://glmm.wikidot.com/faq上的信息,如果没有我的单一随机效应,我无法将其GLMM与 a进行比较。GLM
我varprof在礁鱼示例中尝试了 Ben Bolker 的功能:
varprof(PGS.nbinom1)
Error in varprof(PGS.nbinom1) : <br/>
trying to get slot "deviance" from an object (class "glmmadmb") that is not an S4 object
以及他的simulate.glm(PGS.nbinom1):
simulate.glm(PGS.nbinom1)
Error in simulate.glm(M1) : family nbinom not implemented
还有 Jeff Evans 的方式,发布在archiveorange.com上,我使用无信息的虚拟变量(每行中都有“虚拟”一词的列)运行模型,并将其与我的模型与 ANOVA 进行比较,但也得到了警告在这里留言:
anova(M1,M2)
Analysis of Deviance Table
Model 1: Score ~ Sex * Age + Object<br/>
Model 2: Score ~ Sex * Age + Object<br/>
NoPar LogLik Df Deviance Pr(>Chi)<br/>
1 8 -189.23 <br/>
2 8 -189.32 0 -0.19 1<br/>
Warning message:
In anova.glmmadmb(M1, M2) :<br/>
something's wrong: models should be nested, increasing complexity should imply increasing log-likelihood
我还能尝试什么?任何帮助将非常感激!