其他关于 BUGS 的回答是正确的，但他的回答不适用于 JAGS（至少，不适用于 rjags，R2jags 可能不同）。我没有直接使用 JAGS，但 rjags 的作者是 JAGS 的创建者，所以我猜他们使用相同的约定。

在 rjags 中，jags.model 对象跟踪链已运行的迭代次数。

这是文件“tmpJags”中的一个小模型：

model {
    X ~ dnorm(Y, 1)
    Y ~ dt(0, 1, 1)
}

然后我跑

X <- 1
jm <- jags.model(file = "tmpJags", data = list(X = X), 
                 n.chains = 4, n.adapt = 1000)

jm 由 4 个链组成，每个链都运行了 1000 次总迭代。然后我做

samps <- coda.samples(jm, "Y", n.iter = 1000, thin = 10)

现在我的所有 4 个链都运行了总共 2000 次迭代，我从每个链中收集了 100 个样本，因此总共保存了 400 个样本。

对我来说，这样做是有意义的，因为为了监控链收敛的目的，你宁愿考虑总迭代而不是细化后的迭代。

简短回答：迭代次数包含老化，不包含细化。

简短的回答：如果您要通过 R2WinBUGS 或 R2OpenBUGS（或查看 WinBUGS 输出摘要）运行 BUGS 模型，并使用您声明的参数：

 n.iter=5000, n.burnin=5000, n.thin=2

您会收到一条错误消息/无输出。n.iter是指包括老化在内的迭代总数，因此所有迭代都被老化并被丢弃（或不包括在 CODA 输出和 WinBUGS 中的任何 ACF 图中）。

细化的处理方式不同（相对于n.iter）。例如，如果您使用以下任何参数设置 MCMC：

 n.iter=6000, n.burnin=5000, n.thin=1
 n.iter=6000, n.burnin=5000, n.thin=5
 n.iter=6000, n.burnin=5000, n.thin=10

仅保存 1000 次迭代，即丢弃所有非细化模拟（在 CODA 输出或 WinBUGS 中的任何 ACF 图中）。

不知道这对于 jags 是否一样？