您可以简单地抽取随机样本（即子矩阵）并估计 Mantel 检验统计量。有了足够的样本，这应该会收敛到相同的结论。通过这种方式，您可以避免编写访问所有数据的方法。

然而，由于这些是稀疏矩阵，最好采用一种通过坐标对象列表（COO 表示）访问数据的方法，即（行、列、值），并实现一个简单的计算来将两者之间的测试统计量制成表格矩阵。data.table您可以合并两个矩阵的 COO 版本或使用该包执行更复杂的制表​​。

最终，这取决于矩阵中存在多少值（即它们的密度）。如果它们非常稀疏，以稀疏矩阵格式攻击它们可能是最好的。如果它们不是超级稀疏，则使用子采样方法可能会更好。