我正在构建马尔可夫链（具有 100 到 200 个状态）并通过简单地计算我在原始数据中看到每个转换的次数（每个数据集大约 20k 到 60k 转换）来凭经验推断转换概率。请注意，适度的转换数量和适当的状态数量导致每个边缘的平均测量次数在 1 到 12 之间，因此大多数推断的转换概率的误差都相当高。

从每个数据集中，我构造了一个马尔可夫链。给定两个马尔可夫链，我想要一个统计测试来告诉我它们是否相同（两者都试图近似相同的未知“真实”马尔可夫链，或者两个不同的）。有什么建议吗？任何现有代码（最好在 Matlab 中，但 R 很好）？